C’est aussi au XIII siècle que Blanche de Castille et son fils Saint-Louis firent construire l’Hôtel-Dieu de Louvres pour les pèlerins et les malades. Une maladrerie fut également édifiée à Louvres pour y accueillir les lépreux que l’on était alors obligé d’isoler totalement du reste du monde.
A l’inverse, la guerre de Cent Ans fut pour Louvres comme pour toute l’Ile de France une période de grande misère. L’église Saint-Justin fut en grande partie détruite en 1465, et il faudra attendre le règne de François Ier pour voir la reconstruction de ses nefs dans le style de la Renaissance par l’architecte Nicolas de Saint-Michel. Elle ne fut terminée qu’en 1540 et donna à cette église l’aspect qu’elle a toujours de nos jours.

Mais on ne peut pas parler de l’histoire médiévale de Louvres sans parler conjointement de celle du village d’Orville, qui se situait au bord du Croult, à 2 kilomètres au sud de Louvres. Il existait à l’époque mérovingienne et connut son maximum d’extension sous le règne de Charlemagne. Ce sont les fouilles qui ont révélé son existence, alors qu’il avait disparu sans laisser de traces. Il périclita au début du Moyen-Age, ses habitants étant alors sans doute attirés par Louvres, et il laissa la place au château-fort des "Ducs" d’Orville, puis à celui de la famille d’Aulnay. Celui-ci fut détruit en 1438, lors des combats de la guerre de Cent Ans, sans qu’il en reste pierre sur pierre. Cependant, les fouilles actuelles le restituent peu à peu, ainsi que le village carolingien, pour faire de ce site un lieu culturel actif et complémentaire du Musée d’Histoire et d’Archéologie.

Le Grand Siècle a laissé peu de traces à Louvres. Par contre, la Révolution bouleversa profondément les esprits, à Louvres comme ailleurs. Sous la Terreur, le curé de Louvres (l’abbé Maldague), fut arrêté et guillotiné le 25 Juillet 1794. Dans le même temps, on élevait un monument à la mémoire de Marat, l’ "Ami du Peuple", monument dont un plan de l’époque nous a gardé le souvenir.

Les derniers seigneurs de Louvres (les familles Le Féron, de La Haye de Bazinville et de Mareuil)  tinrent résidence à Louvres. Le château seigneurial se trouvait dans le Parc de l’école des cadres de la SNCF. Il brûla accidentellement en 1815.